[doc] Fix instances references

Problem with cross-files clone instances.

En fait, quand on parse les theories, on se retrouve avec pas les mêmes identifiants que ceux de la théorie quand elle a été chargé comme une > dépendance d'un autre fichier. Et aussi, la résolution du chemin des identifiant est différente. Par exemple, tu parse la théorie a.A, tu > obtiens un identifiant A(2345) avec chemin absolu A ; mais quand tu parse la théorie b.B, un use import de a.A te donne un identifiant > A(4567) avec chemin absolu a.A !!

Dans le générateur de doc, on passe d'ailleurs son temps à passer l'argument ~dir pour reconstituer les noms absolus (de A en a.A) après parsing.

Du coup, indexer les instances de clones par leur identifiant n'est pas une bonne idée. C'est pourquoi j'ai transformé un des tables indexées > par les chemins.